1966年5月5日，中共林县县委、县人委在林县城召开全县水利建设甄套工作会议暨灌区第一次代表会，杨贵作了报告。这次水利工程配套，按红旌渠整个建设序列，排为第六期工程，亦称“第六次战役”。这次战役的任务是：完成41条支渠建设(其中一干渠19条，二干渠19条，三干渠3条)。同时搞好淅南渠、天桥渠、抗日渠等渠的配套。

　　车红旗渠支渠的规划和布置上，首先以万分之一地形图为依据进行规划，然后由红旗渠总指挥部和有关社、队共同组成“三结合”技术小组(即领导干部、技术人员、有经验的农民代表)，深入现场，勘测规划，确定具体方位与范围。一个公社受益的支、斗渠，由有关社队规划设计修建，斗渠以下的农、毛渠等田间工程，在所属公社的指导下，由大队自行规划建设。

　　在红旗渠刚刚庆祝三条干渠竣工通水后，1966年秋，党中央、中南局、河南省委、安阳地委都在号召学习林县，坚持社会主义道路，建设社会主义新山区。全县人民按照县委的部署，昂首阔步，乘胜前进，全面铺开红旗渠支渠配套工程建设。

　　正在这个时候，“文化大革命”的灾难降到林县人民头上。1966年9月21日夜，原安阳地委机关个别人，煽动一部分不明真象的干部群众驱车林县，向中共林县县委“造反”。扬言要揪出杨贵进行批斗，林县的广大干部群众被突如其来的举动震惊，纷纷走向街头，涌到县委机关门前，同安阳地委机关来的一些人展开针锋相对的辩论，说他们违反了党中央国务院关于县以下暂不开展文化大革命的规定，干部群众自动向中南局、党中央作了反映。中南局当即发来电报指示，支持林县群众的正确意见。地委机关的一些人被迫返回安阳。这一消息很快传到北京，一向关心林县这面先进旗帜的国务院总理周恩来，为保护杨贵，指示谭震林副总理速给中共河南省委打电话，让杨贵赴京参加国庆观礼。因地方局势混乱，周恩来总理的指示未能落实。冬季，林县局势更乱，中共林县县委被打成“反革命修正主义集团”、“刘少奇、邓小平复辟资本主义的黑典型”，全县各级领导班子陷于瘫痪状态，有的领导被加上莫须有的罪名受到批斗。红旗渠这一宏伟工程也遭到厄运，有人说：“修建红旗渠不是一功，而是一罪”、“红旗渠是死人渠”，“修红旗渠是为了捞取政治资本”。说红旗渠模范是“假劳模”，工程技术人员是“臭老九”。杨贵被扣上“黑帮”、“走资派”等罪名，先是和地委宣传部长、秘书长等一起关押在“黑帮队”，后被群众组织抓走关起来，在县委机关和15个公社以及重点大队进行轮番批斗，弯腰罚跪，坐“喷气式”飞机，受尽了人身摧残。广大群众对这种不公正的对待，看在眼里，气在心上。

　　1968年4月，在河南省革委、省军区的关怀支持下，林县革命委员会成立，一批领导干部重新站出来工作。杨贵任县革命委员会主任、县人民武装部第一政委，林县局势少许安定。在县革命委员会领导下，红旗渠支渠配套工程建设全面展开，《人民日报》等各大报纸发表《自力更生奏凯歌》的长篇报道，极大地鼓舞了林县人民建设社会主义的积极性。

　　在出现了好形势后，1969年9月份，林县出现一股逆流，一部分领导干部又遭厄运，林县领导班子被诬为“不突出政治，搞唯生产力论”，“穿新鞋走老路”，指令杨贵作“深刻检查”，并调出林县。

　　1971年7月，借批陈(伯达)整风，围绕红旗渠建设问题再次掀起一场风波，把一部分领导干部集中起来，进行了为期90天的集中“整风”“肃清流毒”。说什么：“修了一条小小的红旗渠，有什么了不起”，“红旗渠浇地面积不实在”，“红旗渠是说假话的产物，欺骗中国人民，欺骗世界人民，是一种犯罪行为”，粮食“上纲要”是假的，把农田水利建设中涌现出来的一批先进单位说成“假典型”，“修正主义基地”，硬逼着一些领导干部到蹲过点的先进大队“做检查”，“肃流毒’，强迫一些干部重新算红旗渠有效灌溉面积帐，对一部分在修建红旗渠中有贡献的领导、劳模、工程技术人员进行打击、排斥，县委领导干部有的被撤职受处分，有的被免职调离林县。

　　在那极“左”的大批斗岁月里，林县广大干部群众不约而同地聚集在一起，回顾几年来中共林县县委带领全县人民在山区建设上所取得的成就，深刻认识到，是中国共产党把林县人民从逃荒要饭的火坑里拯救出来，翻身作了主人，是党领导全县人民开创山区建设新纪元，修建了红旗渠，使最基本的生存条件得到改善。红旗渠是自力更生、艰苦奋斗，与大自然决战决胜的产物。红旗渠上每一块石头，都凝结着林具人民的血汗，红旗渠中的每一滴水，都闪烁着党的灿烂光辉。广大群众勇敢地驳斥那种错误论调，理直气壮的说：“吃水不忘建渠人”，“中共林县县委是红旗渠建设的坚强指挥部”，“红旗渠是林县人民的命根子”，“谁要攻击红旗渠，谁就是败家子”。这时，中央一些新闻单位的记者来林县作调查，朱德元帅的夫人康克清来林县视察，中国名记者、著名作家华山等也来林县采访，及时向党中央、国务院反映了林县广大群众的正义呼声。

　　粉碎林彪反革命集团后，中央召集中共河南省委常委和军区党委领导进京开会，解决河南问题。周恩来总理让杨贵参加了会议。李先念副总理见到杨贵后说：“康克清同志把华山反映你挨整的情况和她写给中央的信，都给我们看了，周总理看了两遍。他们把你整的好苦啊!”周恩来总理在会议上严肃地批评了否定红旗渠成就，大砍林县红旗的行为，他说：“兰考和林县是党中央、毛主席树立起来的两面红旗，你为什么要砍掉它，《红旗渠》电影在国内外放映后，反映都很好，外国人都非常赞叹，你却说‘小小的红旗渠有什么了不起’，‘小小的红旗渠’你修了几条?”经毛泽东主席批示“同意”的中共中央(1972)42号文件，肯定了林县人民战天斗地的辉煌成就，批评了一些人砍林县、兰考两面红旗的错误。在党中央亲切关怀下，1972年10月，杨贵又回到林县，任中共河南省委常委、中共安阳地委书记兼林县县委第一书记和林县革命委员会主任。

　　中共林县县委一班人尽管在“文化大革命”中受到批斗，几上几下，但是他们心胸宽阔，忍辱负重，坚持正义，丝毫没有动摇建设林县、改造山河的雄心壮志，只要组织上让自己出来工作，就不计个人恩怨，全心全意的为人民谋利益。他们团结一致，通过艰苦努力的工作，让广大群众明辩是非，拨乱反正，把被践踏了的好制度、好作风又恢复起来，重整旗鼓，制定了“改条件、建基地、工支农”和以改土为中心的农田水利基本建设，带动林、牧、副，多种经营全面发展的规划，决心把“文革”所耽误了的时间抢回来。

　　1968年10月25日，县革委召开全县水利配套会议，规划开工的主要支渠有：红旗渠一干渠四支渠、十二支渠；红英干渠、红英二支渠(油村至景色岭)、三支渠(油村至东姚马池坡)、四支渠(合涧至翟家岭)；淅河干渠(合涧至栗园岭)、淅南东支渠(栗园岭至仙掌)；红旗渠二干渠十三支渠(庞村至可乐山)、二干渠下游(张家井至马店)、十六支渠(沙蒋至水磨山)；红旗渠三干渠一支渠下游(后峪至小王庄)、三干渠二支渠(卢寨至砚花水)、三支渠(卢寨至北苇地)；天桥渠改善加固；新开任村公社古城渠和西河渠(即猴崭至赵所渠)；改善加固抗日渠等。会后，一个声势浩大的红旗渠支渠配套工程建设高潮迅猛掀起。

　　经过红旗渠建设锻炼的林县人民，坚持维护党的领导，坚持社会主义道路，增长了革命见识，学会了建设本领，以前需要由县里统筹修建的重大工程，如今一个公社就敢进行修建；以前公社统一组织修建的建筑物，如今几个大队就拿下来了；以前几个大队合办的事，如今一个生产队就办了。红旗渠第三干渠三支渠的曙光渡槽，高16米，长550米，雄伟的矗立在丁冶岭上，就是东岗公社自己设计，自筹物料，自己施工，自己烧石灰，自制土吊车，仅用了两个月时间就建成了。在渡槽修建过程中，与东岗公社丁冶大队相邻的安阳县都里公社东水大队大队长郭有才，带领支援修建大渡槽的社员赶来参战，他们说：“大渡槽虽然在林县，但是改天换地的意志却是一致的，我们是来向林县人民学习的，要同林县人民并肩战斗，共同完成修渠大业。”两县群众团结协作，有人出入，有钱出钱，有物出物，为建设渡槽立下汗马功劳。丁冶大队共产党员李景云，已年过半百，还坚持在工地干活。在试验土吊车上石料时，大绳断了，横杆和石料失去控制，一齐坠落下来，他不顾个人安危，一面高喊叫人躲开，一面紧紧抱着老杆，在别人离开危险区时，他却被腾空而下的横杆拦腰打翻在地，身负重伤，昏了过去。在医院里他听到渡槽的29个槽孔合龙，激动地流出泪水，高兴地说：“只要修成渡槽，迎来红旗渠水，我负的伤就是治不好，也毫无怨言。”

　　红旗渠第三干渠三支渠虽然只有21公里长，但工程十分艰巨，需绕过大小100多座山梁，跨越70多道沟崭，仅开凿隧洞就得付出很大代价。共同受益的东岗、河顺两公社的干部、群众怀着“高山层层无阻挡，定让渠水流家乡”的雄心壮志，自己设计，自己施工，团结协作，艰苦奋战两年多，凿通了长1050米的北角岭“在险峰”隧洞、1230米长的横岭朱沙驼隧洞、503米长的红旗隧洞、500米长的牛垴隧洞、250()米长的风门岭隧洞等33个隧洞，总长9512米。

　　北角岭“在险峰”隧洞是由东岗公社北角大队修建的。在北角岭上开了两个天井口，人忙如潮，辘轳飞转，紧张地挖运一筐筐石碴。17岁的女青年韩用娣带领一班姐妹们，负责隧洞东口的明渠开挖，还与山腰开井口的民工展开竞赛。后来天井上任务重，韩用娣就领着一班女青年到天井上去战斗-。她兴奋地说：“等隧洞一打通，水流到山后来，俺再也不用跟着爹爹到山前去远挑水吃，肩膀也要解放了。”她象男青年一样，抡锤打钎，绞辘轳，出碴，争干重苦活。在天井里施工面积小，抡锤打钎不方便，她就平着打，跪着打，逐步学会了抡平锤、斜锤、园锤、撩天锤等技术。天井越打越深，放炮后的滚滚硝烟，风车一时排不上来，没法施工，她就率领女青年冒着难闻的烟味，下到井底，用衣服、树枝从一头往风口赶硝烟。出碴任务大，她就和老木匠商量，制造木轮车，由肩抬变成人力拉车，既减轻劳动强度，又提高了工效。风门岭隧洞由河顺公社修建，该社魏庄大队支书魏三然，患了癌症，仍带领自己的子女和群众一道凿隧洞、挖渠道。直到病情恶化，他还让自己的儿子搀抚着到工地检查工程质量，并说：“我只要还有一口气，就要和大家一块干。”他终于没有看到风门岭隧洞被打通就去世了。在生命弥留之际，对家人说：“打通……隧……洞，引……水……入……村。”他的女儿魏秀花继承父亲遗愿，前仆后继，夜以继日地战斗在隧洞里，1971年10月31日因罐车出故障，不幸以身殉职，年仅23岁。

　　姚村公社水磨山大队有1000口人，1500亩耕地，因缺水，粮食产量很低，群众生活困难。1968年大队党支部决定从村南山坡上挖个隧洞，把红旗渠一干渠的水引过来。19岁的女青年郭秋英和几个青年一道，在隧洞中坚持轮班作业，不会轮锤就一锤一锤的学，不会装药放炮，就请炮手教，战胜种种困难，苦战一年，凿通了长达400米的“换新天”隧洞。　　原康、小店、茶店、临淇四个公社为引弓上水库的水，在淅南渠东支渠凿通4座隧洞，在淅南渠西支渠凿通2座隧洞。　　从1968年1O月开始，到1969年7月止，斩断1004．座山头，跨越850条沟壑，修建渡槽90多座，新凿较大过水隧洞70多个，基本完成了红旗渠支渠配套工程。1969年7月6日，林县革命委员会召开庆祝红旗渠工程全面竣工大会。河南省革命委员会、河南省军区、安阳地区革命委员会、安阳军分区负责人参加大会。林县革命委员会主任杨贵在《庆祝胜利，展望胜利》的讲话中说：从1960年2月红旗渠总干渠开工起，共打了6个战役，到现在止，红旗渠干、支渠配套全面竣工。红旗渠的胜利，说明用毛泽东思想武装起来的人，山能改，水能移，什么人间奇迹也能创造出来。给全县的工农业生产带来很大变化：一是抗旱防涝能力大大增强；二是发展了水电生产；三是为发展工业生产提供了优越条件；四是培养了大批的建筑人才；五是既修了渠又通了路；六是促进了卫生事业的发展。他指出：尽管十年来我们战胜种种难以想象的困难，取得了红旗渠建设的巨大胜利。但还远不及林县经济迅速发展形势对我们的要求，我们要不骄不躁，再接再厉，继续努力，去夺取山区建设的更大胜利，今后在水利建设上要突出抓好以下三方面工作：大搞蓄水工程，大搞土壤改良，大搞农田渠系配套。1969年7月8日，《河南日报》发表《规模宏伟的林县红旗渠工程全面竣工》的文章，报道红旗渠全面完成的情况。1969年7月9日，《人民日报》以《林县人民十年艰苦奋斗，红旗渠工程已全部建成》为题，报道红旗渠竣工喜讯，并配发社论《独立自主，自力更生方针的一曲凯歌》。